Menaces du parc

Le parc de l'île Bonaventure et du Rocher Percé est menacé en grande partie par des causes naturelles que par les impacts de l'homme sur la nature. Les plus grosses menaces pour le Rocher Percé sont la détérioration et l'érosion. L'eau, à long terme, pourrait agrandir le trou du Rocher Percé et finalement provoquer l'effondrement de l'arche du Rocher. Par contre, les visiteurs doivent quand même faire attention. Les touristes doivent veiller à ne pas laisser de déchets sur le site, pour la conservation des animaux aquatiques. Aussi, les fous de Bassan, étant des oiseaux migrateurs, ont déjà été menacés par des marées noires dans le golfe du Mexique, et peuvent encore l'être.